Từ khoảng năm 500 trước Công nguyên đến năm 500 sau Công nguyên, vùng Karakalpakstan là một khu vực nông nghiệp thịnh vượng được làm giàu bởi hệ thống tưới tiêu rộng lớn.[1] Người Karakalpak, từng là những người chăn gia súc và ngư dân du mục, được ghi nhận lần đầu tiên vào thế kỷ 16.[2] Karakalpakstan được Hãn quốc Khiva nhượng lại cho Đế quốc Nga vào năm 1873.[3]

Dưới sự cai trị của Liên Xô, đây là một vùng tự trị trong nước Nga Xô viết trước khi trở thành một phần của Uzbekistan vào năm 1936.[4] Khu vực này có lẽ đã thịnh vượng nhất vào những năm 1960 và 1970, khi hệ thống tưới tiêu từ Amu Darya được mở rộng. Vùng này đang bị hạn hán trên diện rộng, một phần do các kiểu thời tiết, nhưng phần lớn là do các sông Amu và Syr Darya được khai thác chủ yếu ở phía đông của đất nước. Mất mùa đã làm khoảng 48.000 người mất nguồn thu nhập chính của họ và tình trạng thiếu nước sạch đã tạo ra sự gia tăng của các bệnh truyền nhiễm.[5]